Tok studiów ukierunkowany jest na zapewnienie wysokiej jakość nauczania oraz systematycznego udziału słuchaczy w zajęciach. Studia mają charakter asynchroniczny – nie jest wymagana równoczesna obecność na platformie słuchaczy i wykładowców. Sporadyczne formy synchroniczne - czaty lub dyżury na komunikatorach internetowych – stanowią uzupełnienie i nie są obowiązkową formą uczestnictwa w zajęciach. Przedmioty ISE (trwające od 7 do 18 tygodni) realizowane są w taki sposób, aby słuchacze uczestniczyli równolegle w optymalnej liczbie kursów (zazwyczaj trzech). Materiał przedmiotów podzielony został na tygodnie – w poniedziałki publikowane są nowe wykłady z aktywnych kursów. Wykładom towarzyszą zadania i/lub quizy, które słuchacze powinni wykonać w określonym czasie. Zadania często mają postać dyskusji, pracy grupowej lub krótkich prac pisemnych. Realizowane w formie testów (jedno-, wielokrotnego wyboru lub uzupełnień) quizy bardziej są formą sprawdzenia obecności studenta niż weryfikacji wiedzy. Ich zadaniem jest podtrzymanie aktywności i autoewaluacja – dlatego w okresie dostępności (zazwyczaj 10-14 dni) słuchacze mogą wykonywać je nieograniczoną liczbę razy wykorzystując przy kolejnych próbach dostarczaną przez system informację zwrotną. W trzeciej edycji ISE słuchacze wykonali około 100 różnego typu zadań – tylko w ponad 30% były to quizy. Szczegółowe warunki wykonania zadań i zaliczenia przedmiotu ustala wykładowca – zalecaną przez organizatorów formułą jest zasada, że warunkiem przystąpienia do egzaminu/zaliczenia jest wykonanie min. 70% zadań z internetowego kursu. Absolwenci ISE otrzymują świadectwo ukończenia studiów podyplomowych w zakresie integracji europejskiej - identyczne z świadectwem dla absolwentów studiów realizowanych w tradycyjny sposób ponieważ ich wiedza weryfikowana jest tak samo: egzaminami w murach uczelni.

Główny wysiłek organizatorów ukierunkowany jest bardziej na zapewnienie studentom aktualnej, istotnej i praktycznej wiedzy oraz wskazywanie dodatkowych źródeł niż kosztownych, zaawansowanych technicznie materiały multimedialnych. W ramach ISE wykorzystywane są nagrania ze zjazdów, dostępne w internecie filmy i prezentacje – zazwyczaj jednak jako materiał uzupełniający. Podstawą są autorskie materiały wykładowców oraz (tam gdzie jest to możliwe) podręczniki, które otrzymują słuchacze. Udostępniane online materiały mają postać zbliżoną do multimedialnych podręczników. Stosowany od połowy II edycji studiów ujednolicony szablon graficzny, poza oczywistymi walorami estetycznymi, ma za zadanie ułatwienie studentom nauki poprzez wyróżnianie formą powtarzalnych elementów, np.: definicji, zestawień, źródeł, pytań do samodzielnej pracy.

Pozytywny odbiór studiów możliwy jest dzięki znacznemu wkładowi pracy wykładowców, z których niektórzy wypracowali własną metodykę prowadzenia zdalnych zajęć. Pierwszymi projektami Centrum Europejskiego UW, które mają źródła w doświadczeniach ISE jest włączenie kursu Historia Unii Europejskiej i jej miejsce w świecie do oferty eLearningowych wykładów ogólnouniwersyteckich (IBIZA) oraz realizacja zajęć z informatyki dla I roku studiów w systemie mieszanym (równocześnie w internecie na platformie eLearningowej i pracowni komputerowej).